В статье исследуются особенности межгрупповых конфликтов в органах государственной власти Российской Федерации на примере Федерального агентства водных ресурсов. Анализируется широкий круг факторов, приводящих к возникновению конфликтов, показывается влияние социально-экономических, политических и правовых условий на зарождение и развитие конфликтов. В анализе используются авторская типология конфликтов и авторская модель исследования их динамики. Дается прогноз развития конфликтов в современных российских условиях.